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Die DGP arbeitet freundschaftlich mit einer Reihe von Organisationen (Vereinen, Verbänden, Instituten) zusammen in dem Bestreben, die Pathologie weiter zu entwickeln und dabei Synergieeffekte zu nutzen. 

Ein besonderes Verhältnis pflegt sie zu ihrer Schwestergesellschaft, dem Bundesverband Deutscher Pathologen e.V. (BDP), der sich insbesondere für die berufsständischen Interessen ihrer Mitglieder einsetzt. In der Leitlinienarbeit der AWMF, in der Qualitätssicherung (QuIP GmbH) und bei der Entwicklung von Stellungnahmen und Positionspapieren arbeiten DGP und BDP oft zusammen. Gemeinsam stellen sie eine starke Lobby für eine unabhängige und innovative Pathologie dar, die sich zum Wohle der Patienten interdisziplinär ausrichtet. Beide Gesellschaften betreiben in Kooperation die „Akademie zur Fortbildung in der Morphologie“.

Darüber hinaus hat die DGP seit vielen Jahren enge Beziehungen zu denjenigen Disziplinen ausgebildet, die für die Gewinnung von Gewebeproben (Biopsien) wichtig sind. Zu ihnen gehören vor allem die namensgleiche DGP (Pneumologie), die DGVS (Stoffwechsel- und Verdauungskrankheiten), die DGGG (Gynäkologie), die DGZ (Zytologie), die DDG (Dermatologie), die DGU (Urologie) und die DGHO (Hämatologie/Onkologie). Schließlich arbeitet die DGP erfolgreich mit Fachgesellschaften anderer Querschnittsfächer, wie z.B. der DGCH(Chirurgie) sowie Organgesellschaften (Deutsche Leberstiftung) oder der DKG (Krebsgesellschaft) als der onkologischen Dachorganisation zusammen. Die DGP beherbergt auch die Geschäftsstelle der Arbeitsgemeinschaft Onkologische Pathologie (AOP) in der DKG. Mit der DGN (Nuklearmedizin) hat die DGP im März 2019 eine Grundsatzvereinbarung über eine intensivierte gegenseitige Kooperation und stärkeren Austausch geschlossen (mehr Infos).

International ist die DGP mit der European Society of Pathology (ESP) vernetzt und unterstützt diese durch Mitarbeit im Vorstand (Executive Council), im Board und in den Arbeitsgemeinschaften (Working Groups). Gemeinschaftlich wirbt sie mit der ESP für ein besseres Verständnis pathologischer Leistungen in der Öffentlichkeit, das noch immer überwiegend von dem Vorurteil geprägt ist, Pathologen arbeiteten hauptsächlich in Sektionssälen an Leichen zur Bestimmung unnatürlicher Todesursachen.
Auch an der Qualitätssicherungsinitiative IQN Path der ESP ist die DGP als "academic member" beteiligt.

Die Deutsche Abteilung der Internationalen Akademie für Pathologie (IAP), deren Hauptaufgabe die praxisorientierte und wissenschaftlich fundierte Fort- und Weiterbildung der Pathologen und der angehenden Pathologen ist, stellt nicht zuletzt eine wichtige Partnerorganisation für alle DGP-Mitglieder im Rahmen ihrer Weiterbildungsbestrebungen dar.  

Die DGP ist mit der Arbeitsgemeinschaft Molekularpathologie außerdem seit 2015 ein "affiliate member" der amerikanischen Association for Molecular Pathology (AMP).

Im Frühjahr 2019 ist die DGP außerdem Mitglied in der International Collaboration on Cancer Reporting (ICCR) geworden und entsendet Vertreter der Gesellschaft in das Board of Directors und das Dataset Steering Comittee des ICCR. Des Weiteren sind einige engagierte Mitglieder der DGP bereits in den einzelnen Dataset-Gruppen tätig.

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