Die derzeit 16 Arbeitsgemeinschaften (AGs) der DGP haben sich jeweils auf die verschiedenen Teildisziplinen der Pathologie spezialisiert. Das Themenspektrum reicht von der Gynäkopathologie über die Molekularpathologie bis hin zur Zytopathologie. Die Mitglieder der AGs tauschen sich regelmäßig über die neuesten Forschungsergebnisse und Analysemethoden aus und erarbeiten gemeinsam Positionspapiere, Stellungnahmen und Veröffentlichungen. Die Mitgliederversammlungen finden üblicherweise auf der Jahrestagung der DGP in der Woche nach Pfingsten statt. Einzelne Arbeitsgemeinschaften veranstalten außerdem ein- bis zweitägige Herbsttreffen.
Jedes Mitglied der DGP kann kostenlos Mitglied in den Arbeitsgemeinschaften der Gesellschaft werden. Die ordentliche Mitgliedschaft ist ausschließlich den Mitgliedern der DGP vorbehalten. In vielen AGs arbeiten aber auch Spezialisten aus fachverwandten Bereichen als assoziierte Mitglieder mit (z.B. Dermatologen, Rechtsmediziner, Chirurgen u.a.). Sie sind jedoch von den Wahlen ausgeschlossen und genießen nicht die Rabatte, die DGP-Mitgliedern bei der Anmeldung zu Tagungen und Kongressen gewährt werden.
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